İLSEM Eğitim Programı üç sene süren üç kademeden oluşur. Programın içeriği katılımcılara ilmî çalışmalar yaparken ihtiyaç duyacakları temel donanımları kazandırmaya yöneliktir. Program boyunca katılımcılara; Birinci kademede; Tarih ve topluma dair bir kavrayış kazandırmayı, İslam ilim ve düşünce geleneğini tanıtmayı, İlmî çalışmanın mahiyet ve gayesine ilişkin bir bilinç ve bakış açısı kazandırmayı, Temel düzeyde okuma ve yorumlama becerisi kazandırmayı, İkinci kademede; Toplumsal,siyasi,iktisadi ve kültürel bir bakış açısı kazandırmayı, İlmî çalışma ahlakı ve disipliniyle ekip çalışması becerisini kazandırmayı, İleri düzeyde okuma, çözümleme ve temel düzeyde yazma becerisi kazandırmayı, Üçüncü kademenin yapısı ilk iki kademeden biraz farklılık göstermektedir. Bu kademenin programında atölye çalışmaları ve temel donanım eğitimleri bulunmaktadır. Temel donanım eğitimlerinin yanı sıra katılımcı ihtisas alanına göre bir atölye çalışmasını takip ederek, atölye yürütücüsü nezaretinde akademik hayata hazırlanır.
